關(guān)于++, ±, -+, --的解釋

++對應(yīng)著參考基因組的正鏈（有義鏈，非模板鏈，即hg38的序列，watson鏈）；

+-代表正鏈的互補(bǔ)鏈（正常情況下正鏈的互補(bǔ)鏈?zhǔn)秦?fù)鏈，但在重硫酸鹽處理后正鏈和負(fù)鏈并不互補(bǔ)）；

-+代表負(fù)鏈（模板鏈，crick鏈）

--代表負(fù)鏈的互補(bǔ)鏈。

bsmap的輸出結(jié)果

使用的模式是
r=0： 只輸出唯一比對上的reads（包括單端和雙端）
n=1： map SE or PE reads to all 4 strands
p=8：線程數(shù)為8
S=1234：隨機(jī)種子

上述輸入的read pairs是8432889對，比對完后輸出的bam文件有757427條記錄。

對757427條記錄進(jìn)行拆解：516290（雙端比對到同一染色體的reads數(shù)）+232457（單端比對上的reads數(shù)）+8680（雙端比對到不同染色體的reads數(shù)）。

516290和輸出結(jié)果中的unique pairs: 257594對不上（257594*2=515188），相差的1102條是read 1和read 2完全反向互補(bǔ)的reads（bam格式中第7列是=，第9列是0）。

Note：正常情況下，bam文件的行數(shù)757427應(yīng)該等于unique pairs*2 + unpaired read #1 + unpaired read #2。在這個(gè)例子中并不相等，原因是這個(gè)例子用的是moabs流程，相比于上述圖片中的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)，最終bam文件中有一些reads被過濾掉了。