ImageJ擴(kuò)展

ImageJ功能可以通過宏、腳本或插件形式的可加載代碼模塊進(jìn)行擴(kuò)展。ImageJ網(wǎng)站提供了300多個(gè)宏、500多個(gè)插件和20多個(gè)腳本。以下是對這三種類型的ImageJ附加組件的簡短描述：

• 宏（Macros）——執(zhí)行一系列ImageJ命令的最簡單方法。ImageJ宏語言是一種類似Java的語言，包含一組控制結(jié)構(gòu)、運(yùn)算符和內(nèi)置函數(shù)，可用于調(diào)用內(nèi)置命令和其他宏。宏代碼存儲(chǔ)在文本文件中（擴(kuò)展名為.txt和.ijm）。
• 插件（Plugins）——比宏功能強(qiáng)大、靈活、快速得多（ImageJ的大多數(shù)內(nèi)置菜單命令實(shí)際上都是插件），但更難編寫和調(diào)試。
• 腳本（Scripts）——ImageJ使用Mozilla Rhino解釋器來運(yùn)行JavaScripts。與插件類似，腳本可以完全訪問所有ImageJ和Java API，但不需要編譯（腳本和宏以解釋方式運(yùn)行）。另一方面，腳本缺乏宏語言的簡單性，在ImageJ中的集成度較低。

14. 宏指令（Macros）

宏是一個(gè)簡單的程序，可以自動(dòng)執(zhí)行一系列ImageJ命令。創(chuàng)建宏的最簡單方法是使用命令記錄器記錄一系列命令。宏將保存為文本文件（擴(kuò)展名為.txt或.ijm），安裝后，通過在Plugins>Macros>submenu中選擇宏名稱、按鍵執(zhí)行，或者在使用宏工具的情況下，通過單擊ImageJ工具欄中的圖標(biāo)執(zhí)行。此外，任何放置在ImageJ/plugins中的擴(kuò)展名為.ijm的宏文件都將像任何其他插件一樣安裝在Plugins>menu中。

ImageJ網(wǎng)站上有300多個(gè)示例宏。要嘗試一個(gè)，請?jiān)跒g覽器窗口中打開它，并將其直接拖動(dòng)到Main ImageJ窗口，或者將其復(fù)制到剪貼板，切換到IJ，然后運(yùn)行File.New.System剪貼板，將宏粘貼到新的編輯器窗口中。使用編輯器的Macros>Run Macro命令運(yùn)行它。大多數(shù)示例宏也可以在ImageJ文件夾中的宏文件夾中找到。

宏程序設(shè)計(jì)

ImageJ社區(qū)創(chuàng)建了關(guān)于宏編程的優(yōu)秀教程。這些資源是ImageJ宏語言不可或缺的指南：

1. The ImageJ Macro Language — Programmer’s Reference Guide（ImageJ宏語言-程序員參考指南）：這本小冊子匯編了分布在網(wǎng)絡(luò)上的與ImageJ的宏編程相關(guān)的大部分文檔。它為ImageJ宏語言提供了最新的可打印手冊：http://imagej.nih.gov/ij/docs/macro_reference_guide.pdf
2. 內(nèi)置宏函數(shù)網(wǎng)頁（編輯器中的Help>Macro Functions and Macros>Function Improved Finder）是可以從ImageJ宏語言調(diào)用的內(nèi)置函數(shù)的不可或缺的指南。它有完整的文件記錄并不斷更新：http://imagej.nih.gov/ij/developer/macro/functions.html
3. Fiji網(wǎng)頁上的教程：http://fiji.sc/wiki/index.php/Introduction_into_Macro_Programming
4. ImageJ文檔門戶網(wǎng)站上的操作方法和教程：http://imagejdocu.tudor.lu/

15. 腳本（ Scripts）

ImageJ 1.41中引入了JavaScript腳本，以實(shí)現(xiàn)對ImageJ和Java API的完全訪問。ImageJ使用Java 1.6 for Linux和Windows內(nèi)置的Mozilla Rhino解釋器來運(yùn)行JavaScript。Mac用戶和Java早期版本的用戶必須將JavaScript.jar下載到插件文件夾中。這個(gè)JAR文件可以在ImageJ網(wǎng)站上找到，并且包含在ImageJ/plugins/jars中的ImageJ的Mac版本中。

示例JavaScript程序可在imagej.nih.gov/ij/macros/js/上找到?？梢允褂肦ecorder（Plugins>Macros>Record）生成線程安全的JavaScript代碼。腳本可以在編輯器中作為任何其他宏打開。擴(kuò)展名為.js的腳本可以使用Macros>Run Macro 來運(yùn)行，否則必須使用Macros>Evaluate JavaScript 。

JavaScript編程

關(guān)于ImageJ JavaScript腳本的資源包括：

1. ImageJ網(wǎng)站，文檔不斷增加：http://imagej.nih.gov/ij/developer/javascript.html
2. Fiji網(wǎng)頁上的教程：http://fiji.sc/wiki/index.php/Javascript_Scripting
3. 在線腳本存儲(chǔ)庫：http://imagej.nih.gov/ij/macros/js/

16. 插件（ Plugins）

插件是一個(gè)比宏和腳本強(qiáng)大得多的概念，而且ImageJ的大多數(shù)內(nèi)置菜單命令實(shí)際上都是作為插件實(shí)現(xiàn)的。引用維爾納·拜勒的話：插件被實(shí)現(xiàn)為Java類，這意味著您可以使用Java語言的所有功能，訪問完整的ImageJ API，并在插件中使用所有標(biāo)準(zhǔn)和第三方Java API。這為插件中可以做的事情提供了廣泛的可能性。插件最常見的用途是對圖像或圖像堆棧執(zhí)行一些分析或處理的過濾器，以及用于從文件或其他設(shè)備讀取/寫入本機(jī)不支持的格式的I/O插件。但正如您在查看ImageJ插件頁面上列出的插件時(shí)所看到的，您可以使用插件做許多其他事情，例如渲染圖形或創(chuàng)建ImageJ圖形用戶界面的擴(kuò)展。

ImageJ/Plugins/文件夾中的插件列在Plugins>menu的底部。只有插件文件夾中名稱中至少有一個(gè)下劃線的.class和.jar文件才會(huì)被安裝。請注意，在IJ 1.44d及更高版本中，ImageJ不再在啟動(dòng)時(shí)自動(dòng)在以小寫字母開頭的JAR文件目錄中安裝插件。

開發(fā)ImageJ插件

有關(guān)如何開發(fā)ImageJ插件的更多信息，請?jiān)L問以下文檔：

1. ImageJ網(wǎng)站上的開發(fā)人員資源頁面：http://imagej.nih.gov/ij/developer/index.html
2. Fiji網(wǎng)頁上的專用教程：http://fiji.sc/wiki/index.php/Introduction_into_Developing_Plugins
3. ImageJ文檔門戶網(wǎng)站上的專用教程：http://imagejdocu.tudor.lu/
4. ImageJDev網(wǎng)頁上的專用教程：http://developer.imagej.net/ides

17. 用其他語言編寫腳本

使用Fiji及其強(qiáng)大的編輯器，ImageJ可以支持其他語言。Fiji增加了對BeanShell、Clojure、Python和Ruby的額外支持。以下文檔將向您介紹Fiji的高級(jí)腳本功能：

1. Albert Cardona關(guān)于用Jython編寫Fiji腳本的廣泛教程：http://www.ini.uzh.ch/~acardona/fiji-tutorial/
2. Fiji網(wǎng)頁上的專用教程：http://fiji.sc/wiki/index.php/Scripting_comparisons

Fiji腳本編輯器

Fiji擁有比ImageJ內(nèi)置編輯器更強(qiáng)大的腳本編輯器。當(dāng)使用Fiji支持的任何語言（包括ImageJ宏語言）編寫腳本時(shí)，Fiji編輯器都是一個(gè)寶貴的幫助。該編輯器具有完全撤消支持、語法高亮顯示、選項(xiàng)卡、書簽和其他一些簡化ImageJ中腳本工作流程的工具。欲了解更多信息，請?jiān)L問Fiji
http://fiji.sc/wiki/index.php/Script_Editor編輯網(wǎng)站
。

18. 從命令行運(yùn)行ImageJ

ImageJ是作為桌面應(yīng)用程序設(shè)計(jì)的。然而，它可以在沒有圖形環(huán)境（headless模式）的情況下運(yùn)行，方法是在ij.jar類路徑中添加一個(gè)特殊的庫（headless.jar），該庫覆蓋關(guān)鍵的ImageJ類以更好地?zé)o圖形化工作。

ImageJ識(shí)別以下命令行選項(xiàng)：

• “file-name”：打開一個(gè)文件
• -ijpath path：指定包含插件目錄的目錄路徑
• -port：指定ImageJ用于確定另一個(gè)實(shí)例是否正在運(yùn)行的端口。
• -macro path [arg]：運(yùn)行宏或腳本，向其傳遞一個(gè)可選參數(shù)，該參數(shù)可以使用getArgument（）進(jìn)行檢索。
• -batch path [arg]：以批處理模式（無GUI）運(yùn)行宏或腳本，并向其傳遞可選參數(shù)。當(dāng)宏結(jié)束時(shí)，ImageJ退出。
• -eval “macro code”：計(jì)算宏代碼。
• -run command：運(yùn)行ImageJ菜單命令
• -debug：在調(diào)試模式下運(yùn)行ImageJ。