8. 基本知識的討論

此部分描述了如何使用 LAMMPS 為用戶和開發(fā)人員執(zhí)行各種任務。術語表頁面還列出了 MD 術語，以及相應 LAMMPS 手冊頁的鏈接。 LAMMPS 源代碼分發(fā)的?examples?目錄中包含的示例輸入腳本以及示例腳本頁面上突出顯示的示例輸入腳本還展示了如何設置和運行各種模擬。

?8.1.通用基礎知識

8.1.1.重新啟動模擬?

8.1.2.可視化 LAMMPS 快照

8.1.3.從一個輸入腳本運行多個模擬

8.1.4.多副本模擬?

LAMMPS 中的多個命令運行多副本模擬，這意味著模擬的多個實例（副本）同時運行，副本之間定期交換少量數據。

這些是相關命令：

• hyper 用于鍵增強超動力學 (HD)

• neb 用于微調彈性帶計算 (NEB)

• neb_spin 用于磁推彈性帶計算

• ?prd 用于并行副本動態(tài) (PRD)

• tad 溫度加速動力學 (TAD)

• temper固定體積平行回火

• temper/npt?用于平行回火擴展到NPT

• temper/grem?用于具有廣義副本交換 (gREM) 的并行回火

• fix pimd用于路徑積分分子動力學 (PIMD)?

NEB 是一種尋找過渡態(tài)和勢壘勢能的方法。 HD、PRD 和 TAD 是執(zhí)行加速動力學以查找和執(zhí)行罕見事件的方法。并行調溫或副本交換在一系列溫度下運行不同的副本，以促進罕見事件采樣。 PIMD 運行不同的復制品，不同復制品中的各個粒子通過彈簧耦合在一起，以模擬可以代表原子核的量子性質的環(huán)聚合物系統(tǒng)。

僅當使用 REPLICA 包構建 LAMMPS 時才能使用這些命令。有關詳細信息，請參閱構建包頁面。

在所有這些情況下，每個副本都必須使用一個或多個處理器運行。分配給每個副本的處理器是在運行時通過使用 -partition 命令行開關在多個分區(qū)上啟動 LAMMPS 來確定的，在這種情況下，這些分區(qū)與副本相同。例如。這些命令：

mpirun -np 16 lmp_linux -partition 8x2 -in in.temper
mpirun -np 8 lmp_linux -partition 8x1 -in in.neb

每個將在 16 或 8 個處理器上運行 8 個副本。請注意使用 -in 命令行開關來指定在多副本模式下運行時所需的輸入腳本。

另請注意，在計算機（例如臺式機）上安裝 MPI 后，您可以在比物理處理器更多的（虛擬）處理器上運行。因此，上述命令可以在單處理器（或少數處理器）桌面上運行，以便您可以在比物理處理器更多的副本上運行多副本模擬。這對于測試和調試非常有用，因為對于大多數現代處理器和 MPI 庫來說，當超額訂閱處理器時，計算效率可能會嚴重降低。