Docker部署Rstudio server

背景：如果您想在服務(wù)器上運(yùn)行RstudioServer，可以按照如下方法進(jìn)行操作，筆者測(cè)試時(shí)使用騰訊云服務(wù)器（系統(tǒng)centos7），需要在管理員權(quán)限下運(yùn)行

Rstudio 官方提供了使用不同 R 版本的 Rstudio 鏡像，使用 docker 來運(yùn)行它們就可以在容器中使用不同的 R 版本，此方法非常的簡單方便，開箱即用。

第一步：安裝docker

• 打開終端，輸入cat /etc/os-release查看系統(tǒng)信息
• 檢查系統(tǒng)版本，如果Linux的發(fā)行版系統(tǒng)是centOS，安裝最新版的docker需要centOS 7以上的系統(tǒng)

step?1:?安裝必要的一些系統(tǒng)工具
sudo?yum?install?-y?yum-utils?device-mapper-persistent-data?lvm2

Step?2:?添加軟件源信息
sudo?yum-config-manager?--add-repo?http://mirrors.aliyun.com/docker-ce/linux/centos/docker-ce.repo

Step?3:?更新yum索引列表并安裝Docker引擎
sudo?yum?makecache?fast

Step?4:?開啟Docker服務(wù)
sudo?service?docker?start

• 配置倉庫鏡像
• 完成（輸入docker出現(xiàn)提示信息）

第二步：安裝Rstudio鏡像

在安裝了Docker，但沒有容器運(yùn)行的機(jī)器上，直接輸入下面的一行命令并運(yùn)行：

docker run  -p 8787:8787 -e PASSWORD=yourpasswordhere rocker/rstudio

注意：密碼部分要根據(jù)自己情況進(jìn)行修改，默認(rèn)安裝的是最新版本。

根據(jù)官方說明，此時(shí)以用戶名rstudio，密碼yourpasswordhere，即可成功登錄Rstudio Server，使用瀏覽器打開IP:端口即可使用，該服務(wù)運(yùn)行于虛擬機(jī)中，不會(huì)影響外部配置信息，剛剛查看已經(jīng)更新到4.2.3的版本了

• 安裝指定版本的R和Rstudioserver

https://hub.docker.com/r/rocker/rstudio/tags打開官網(wǎng)后，可以自由選擇指定版本，如果不加參數(shù)，默認(rèn)使用最新版。比如，想使用3.6版本的R，只需把命令末尾的rocker/rstudio替換為rocker/rstudio:3.6.1即可

第三步：文件傳輸

docker容器內(nèi)是個(gè)完整的linux系統(tǒng)，這個(gè)系統(tǒng)共享宿主機(jī)內(nèi)核，但其上層卻是和宿主機(jī)隔離的，因而docker內(nèi)部可以隨意折騰，而不必?fù)?dān)心把宿主機(jī)的系統(tǒng)弄崩潰，直接通過網(wǎng)頁進(jìn)入Rstudio后，發(fā)現(xiàn)里邊無法找到我們所需要的文件。

若需要用這個(gè)Rstudio處理宿主機(jī)上的數(shù)據(jù)，我們需要將宿主機(jī)上的路徑映射如容器內(nèi)。通過-v參數(shù)實(shí)現(xiàn)，命令格式-v outDir:inDir，outDir為宿主機(jī)的路徑，inDir為docker容器內(nèi)映射的路徑，兩者都需要寫絕對(duì)路徑。

docker run  -p 8787:8787 -e PASSWORD=yourpasswordhere \-v /mnt/public:/home/rstudio/public_data \rocker/rstudio 

可以通過多個(gè)-v參數(shù)，往容器中掛載多個(gè)路徑。

第四步：端口映射

可以通過-p參數(shù)將容器內(nèi)部的端口映射到宿主機(jī)上，以便容器能夠能夠?qū)ν馓峁┓?wù)或者方便外部訪問宿主機(jī)。命令格式-p outPort:inPort，outPort為映射出的宿主機(jī)端口，inPort為容器內(nèi)部端口。

若宿主機(jī)同時(shí)運(yùn)行多個(gè)鏡像，多個(gè)鏡像間，端口不要沖突 例如，某個(gè)正在運(yùn)行的Rstudio容器，已經(jīng)占據(jù)了8787端口，那么新啟動(dòng)的Rstudio容器，需要避開這個(gè)端口，例如將端口設(shè)置為-p otherPort:8787等，冒號(hào)前是外部端口，冒號(hào)后是docker內(nèi)端口

重要補(bǔ)充

• 環(huán)境變量-e：

  • PASSWORD：登錄密碼，必須設(shè)置
  • USER：用戶名
  • ROOT：是否允許容器內(nèi)對(duì)外部具有最高權(quán)限，這個(gè)一般需要關(guān)閉，如果開啟的話虛擬機(jī)中可以對(duì)外部主機(jī)進(jìn)行任意修改，很危險(xiǎn)

• 一鍵式啟動(dòng)方案

docker run  --name myRstudio -d --restart always\-p 8787:8787 \-p 3838:3838 \-e USER=user \-e PASSWORD=passwd \-e USERID=1000 \-e GROUPID=1000 \-e ADD=shiny \-v /mnt/public:/home/ \rocker/rstudio