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介紹
轉(zhuǎn)錄組差異fgsea富集分析是一種基于基因集的富集分析方法，它關(guān)注的是整個基因集的協(xié)同變化，而不是單個基因的表達(dá)水平變化。這種方法特別適用于時間序列數(shù)據(jù)或具有定量屬性的樣本，因為它不需要將樣本分組并對每個分組單獨(dú)進(jìn)行富集分析，而是可以直接對整體數(shù)據(jù)集進(jìn)行處理。
fgsea富集分析的主要步驟包括：
- 基因排序：將基因按照在兩類樣本中的差異表達(dá)程度進(jìn)行排序。
- 基因集富集檢驗：檢驗預(yù)先設(shè)定的基因集合是否在這個排序表的頂端或者底端富集，從而判斷此基因集內(nèi)基因的協(xié)同變化對表型變化的影響。
- 統(tǒng)計顯著性評估：通過計算富集分?jǐn)?shù)（Enrichment Score, ES）和進(jìn)行統(tǒng)計測試（如排列測試），來評估基因集的富集是否具有統(tǒng)計學(xué)意義。
fgsea富集分析的優(yōu)勢在于：
- 整體分析：從整體基因表達(dá)數(shù)據(jù)出發(fā)，關(guān)注整個基因集的協(xié)同變化，而不是單個基因的變化。