科研圖像和藝術(shù)圖像在處理上有一個(gè)顯著的區(qū)別，就是有著定量分析的需求，ImageJ也提供了多種幾何何亮工具，包括距離和角度。

距離測(cè)量

點(diǎn)擊菜單欄File->Open Samples，打開(kāi)一個(gè)示例圖像Leaf，這個(gè)圖像由一篇葉子和一個(gè)格尺組成，其用作示例的功能，便是通過(guò)格尺來(lái)標(biāo)注葉片的尺寸。

首先在格尺中畫(huà)一條一厘米長(zhǎng)的線，然后在菜單中以此點(diǎn)擊Analyze->Set Scale，在彈出對(duì)話框中設(shè)置單位為cm，點(diǎn)擊OK。

然后在圖中再畫(huà)一條線，點(diǎn)擊菜單欄Analyze->Measure，或者直接按快捷鍵Ctrl+M，即可得到測(cè)量結(jié)果。

其中，Length即為最終測(cè)量的長(zhǎng)度，為2.04厘米，Angle為此射線與水平方向的夾角?？梢杂?jì)算一下

$$2/\cos (4.362°)\approx 2.0058$$

考慮到畫(huà)線時(shí)的誤差，最終長(zhǎng)度是2.04還是比較準(zhǔn)確的。

若使用直線右側(cè)的畫(huà)角工具，那么最終得到的角度則為改工具繪制出來(lái)的角度。

Area為圖形為圍住的面積，線段的面積，姑且理解為這個(gè)線段其實(shí)也是有寬度的，并且大概為一個(gè)像素，在這張圖中也就是0.0172厘米。

如果用矩形或者多邊形工具在圖形中建立選取，那么Area就是這片區(qū)域的面積了。

最后順便說(shuō)一下，Mean, Min, Max為選中區(qū)域像素的平均值、最大值和最小值。這些測(cè)量參數(shù)，可以點(diǎn)擊菜單欄Analyse->Set Measurements進(jìn)行設(shè)置。

批量測(cè)量

下面點(diǎn)擊Files->Open Samples->blobs，打開(kāi)斑點(diǎn)圖像，來(lái)批量測(cè)量每個(gè)斑點(diǎn)的尺寸。

點(diǎn)擊快捷鍵Ctrl+Shift+T，對(duì)blobs圖像進(jìn)行二值化，由于圖像中并沒(méi)有比例尺，所以直接將尺度設(shè)為像素值，參數(shù)均為1。

點(diǎn)擊菜單欄Analyze->Analyze Particles，選中Display results和Exclude on edges，以顯示測(cè)量結(jié)果，并增強(qiáng)邊緣，終可得到測(cè)量結(jié)果如下圖中間和右邊所示。

Analyze Particles窗口中有一些可設(shè)參數(shù)，其中Size為最小尺寸，尺寸小于設(shè)置值的區(qū)域?qū)⒉粫?huì)納入統(tǒng)計(jì)；Circularity為圓度，由于本例中測(cè)試的是形狀相對(duì)隨機(jī)的斑點(diǎn)，所以范圍從0到1，可以理解為不限制形狀。

在Results窗口中，點(diǎn)擊Results->Distribution，可以查看測(cè)量結(jié)果的直方圖分布，點(diǎn)擊Plot，將X設(shè)為—，Y設(shè)為Area，可以查看散點(diǎn)圖分布。